لم يتوقف الاتحاد الافريقي على حشر انفه في ملف الصحراء رغم رفض المغرب اي تدخل له في الامم المتحدة في قضية الصحراء باعتباره منظمة اقليمية فقط، فقد ندد الاتحاد من جديد بتوقيع المغرب على اتفاقيات مع دول أخرى وادراج الاقاليم الجنوبية كوجهة لتطبيق هذه التفاقيات.

ورغم المحاولات اليائسة للرباط لمنع الاتحاد الافريقي من ابداء رأيه حول الملف الصحراوي فقد تمكنت المنظمة الافريقية من اسماع صوتها عن طريق وكان الاتحا الافريقي قد بعث برسالة إلى اعضاء مجلس الأمن حول ما أسماه الوضع بالأراضي الصحراوية.

ودعا الاتحاد الافريقي دول الاتحاد الاوروبي الى احترام قرار المحكمة الاوروبية الصادر يوم 10 ديسمبر 2015 والذي يقضي بإلغاء الاتفاق التجاري المتعلق بالمنتوجات الفلاحية والصيد البحري المبرم في مارس 2012 بين الرباط والاتحاد الأوربي.